蒙藏学校从办校起经费就不充裕，一直在极端困难下办学。

1916年6月因经费无着，学校停办，保留建制，学生回旗等候，10月才恢复上课。

蒙藏学校经费是财政部直拨的，但屡屡欠发。1916年欠发两个月，1919年欠发9个月，1920年又欠发几个月。这年的9月15号，学校请求速发七八两月经费，请求中说：迳启者，本校七八两月经费至今未发，困难情形不堪言状，左支右绌，无法维持。惟请贵院(蒙藏院)将本校七八两月应领之款从速拨下，以济眉急。是为至祷。

1921年1月11日，学校又以《本校经费未发，行将停止，请设法借垫，以济燃眉》为题呈文蒙藏院，说：

迳启者，前因本校经费积欠两月有余，曾经函请设法垫发，在案。现已多日，未蒙发给，学生等因日用无着，几至断炊。日日向校长追呼，恳求援助。其余多项杂费，如煤火、灯油、纸张等类均系向商号赊买，久不归帐，商家亦无法垫办。所有用度，行将停止。而职教员之薪水欠发，尚肯逐日上课办公。即不明言追索，而为校长者对之能无惭汗？明知贵院经费困难，具有同情，然无论如何为难仍恳设法借垫，以济燃眉，不胜迫切待命之至！

这年春节将至，而教职工几个月的工资分文未发。于是学校以《年关伊迩，请拨积欠经费》为题呈文蒙藏院说：

迳启者，前由贵院领到九年(1920年)十一月份经费995元，除发给学生伙食、夫役工资暨补发零星赊欠之款外，事务员薪水只发半数，教职员薪水三月未发分文。至所欠煤炭大宗各款，既未偿还，难再赊欠。现在旧历年关伊迩，一切开支势再难缓。务请贵院将前欠本校经费从速筹拨，以应急需。

这年4月10日学校呈文蒙藏院请求发给欠款，说：

迳启者，本校经费积欠三个月之多。学生日日催索，事务员等屡次具呈催索欠薪，本校无以应付。而听差人等，粮无隔宿，已将断炊。其杂费等项统由赊借而来，既久补还，难再赊欠，窘迫至此！若专俟财政部拨款始行发给，实属缓不济急。为此，函恳贵院从速筹拨欠款，以应继续，是为至祷。

4月26日又再次发出请求说：

迳启者，本校经费积欠甚多，困难情形不堪言状。前者专门以上各校纷纷罢课要求学款，本校教职员独能始终维持照常办公，并未停课。现闻财政部已筹有钱款补发欠薪。此时若再令本校教职员枵腹从公，未免向隅。为此，函恳贵院转资财政部援照各校办法，将本校积欠之款从速发下，以济眉急。

5月端午节临近，经费又没有发下来，学校又呈文请求拨发。5月30日的呈文中说：

迳启者，本校三四两月经费至今未发。现届端节临迩，一切经费急待支付。惟请贵院将本校积欠之款从速筹拨，以应急需，是为至祷。

财政部答复：现在库储支绌万分，蒙藏学校旧欠之款尚难即予发给。

1924年，因学校经费出奇困难，经蒙藏院协调，热河、察哈尔、绥远三个特别区每年向学校拨款两千元，分四期支付。只有当年的按时支付。1925年后就一直没有兑现。学校几次派人去催交，毫无效果。

1926年3月，吴恩和校长给驻守在三个特别区的军事长官写信，从中可见蒙藏学校经费困难之一斑。信中说：

“谨呈者，蒙藏地处边陲，教育向未讲求。民国成立，蒙藏院念蒙藏为国土之屏藩，教育为立国之根本。欲固边防，须兴教育。于是始创设蒙藏学校，集各旗优秀子弟来京就学，毕业后分发沿边各省区任用。意至美，法至善也。

计自成立以来，前后毕业者有中学四五两班，明年即届毕业。倘由此而逐渐推展，使蒙藏教育依次发达，边民知识日臻高尚，诚国家之福也。

乃民六(1917)以远，中央财政支绌，校款积欠日甚一日，沿至民国十三年，已届山穷水尽之时。幸由蒙藏院商准热察绥三特别区都统署自民十三年下半年起每区常年补助蒙藏学校经费二千元，年分四期拨给，每月五百元。自商准后，各区或一期或二期，均经先后拨给，各在案。蒙藏学校亦得以勉强支持，不致关闭。不意冯军占据三区，自去秋至今，该项补助费竟一次未付。又值中央库藏日趋拮据，计今年一年仅领到经费午节(第二季度)三成，秋节(第三季度)一成，共计五成，为数不过一千余元。无米为炊，朝不保夕，莘莘学子，絃诵将辍。今幸帅座驻节京师，三区同时克复。素仰帅座关心边事，注重教育，是以不辞冒昧，敬将历年困苦情状暨三区补助费之原委，并蒙藏教育关系国家前途之重要，缕细上陈，伏乞慨赐援拨，行知三特别区长官，援照历年补助费成案，将应行拨给之补助费速赐拨兑一期，俾得维持现状。此后并望依案如期兑来，庶蒙藏学校不至中途停顿，边民教育得以逐渐兴展。如此，蒙藏数千万人民将歌功颂德于无限矣！

恩和本系蒙人，初乏智慧。幼年赖贡王之提携，遣学东岛，归国怀涓埃之报，诚未遑(顾不上)安逸。初也，侧身国会，至惭建树之毫无。今则仔肩(担负)教育，益觉陨越之堪虞(值得忧虑)。只以上蒙贡王教养之重，下受蒙人期望之殷，际兹时局未定，蒙藏教育千钧一发之时，是以愈不敢不勉强支持，以期维持于不败。今也帅座威名远播，西北人民统隶幈幪之下，是蒙藏学校今日之学生，皆帅座他日之前驱也。倘蒙不弃边鄙，曲予成全，恩和不敏，敬当竭诚振导，为国家造边才，以图报帅座于万一也。谨此上恳，伏乞鉴察施行。无任屏营待命之至。”

1927年8月，学校又因为缺乏经费暂时停办，保留建制。1929年才续办。

1947年，学校经费情况每况愈下，每个学生只给1.8万元(通货膨胀时的特不值钱的货币)的公费。当时一日两餐窝窝头就要花掉千余元，这点公费只能维持20来天的生活，更使学生无法忍受的是连这么少的公费也时有时无，到2月间，已欠发公费1080万元，致使学校在2月21日宣告断炊。学生代表向新闻记者发表谈话：一切痛苦均可以忍受，但饿着肚子上课实在无法可忍。他们强烈要求国民党当局，真正实行民族平等政策，给学生以必要的待遇，不至挨饿受冻，不要开空头支票，用优待之类的漂亮话欺骗学生。要求专管少数民族事务的蒙藏委员会设法由国民党当局借支一部分欠发公费，以维持学校最起码的生活。