1911年10月10日的辛亥革命，推翻了清朝的统治，两千多年的封建君主制结束了。12月19日孙中山被推选为中华民国临时大总统，1912年1月1日在南京建立临时政府，民国纪年从此使用。但辛亥革命是不彻底的，袁世凯窃取了大总统职位，在北京建立了北洋军阀政府。北洋军阀政府的统治也是不稳定的，各地军阀割据，摩擦、战事屡屡不止。

1911年12月16日哲布尊丹巴宣布成立“大蒙古国”后，内蒙向何处去？成为必须立即回答的问题。某些外国势力或明或暗，煽动内蒙独立。内蒙蒙古族人民维护祖国统一的意愿自不待言，东部蒙古王公、洮南蒙古王公、西部蒙古王公也先后开会，宣布响附民国，赞成共和。加强边疆工作，维护国家统一领土完整，成为社会的共识。

在西南边疆，我国西藏的安全也面临着威胁。外国先后于1888和1903年先后两次发动了对西藏的侵略战争，均因遭到西藏人民的英勇抵抗而未能得逞。辛亥革命前后，外国从直接入侵转为采取收买西藏上层势力进行分裂活动的手法，煽动西藏“独立”。1912年6月，中央政府下令部分川滇军队进驻西藏，外国也横加指责。

辛亥革命五族共和、民族平等、民族统一是孙中山创建的资产阶级共和国的基础，境内各民族都是中华民族成员之一，不是“藩族”，在设置官署时，不设“理藩部”，边疆民族事务由内务部新设的蒙藏事务处管理。

鉴于当时形势，1912年9月蒙藏事务处从内务部划出设为独立机关，称蒙藏事务局，隶属于国务总理。内蒙古卓索图盟盟长贡桑诺尔布亲王被调到北京，担任总裁。

贡桑诺尔布到北京后，所做的第一件事就是力促几位蒙古族议员提议政府在北京创办“蒙藏学堂”。很快得到政府同意，交由蒙藏事务局筹办。教育部在核准时，依据1912年《普通教育暂行办法》中“从前各项学堂，均改称学校”的规定，定名为蒙藏学校。1913年教育部正式公布了《蒙藏学校章程》。

    1913年2月，学校正式开学。